有的科学家认为镜像神经系统缺陷导致孤独症，这是错误的认识，实际上是因为孤独症导致学习缺陷，而使镜像神经元的镜像功能无法正常形成引起镜像神经系统缺陷。

我们知道孤独症患儿不能与人正常的交往，正常情况下该引起注意的对象不能引起他的注意，不应引起注意的对象却使他注意，我认为这是因为他不能进行正常的奖惩预期（注意力的分配由奖惩预期决定，比如人预期到那一行为或对象更能带来奖赏或惩罚，他便会将注意力集中到那一行为（或对象），或对那一行为或对象分配更多的注意力），也就是说他没能形成正常的奖惩系统。由于患儿主要表现为奖惩学习能力的障碍，因而应是奖惩中枢出了问题。

孤独症患儿由于奖惩中枢出了问题，使其无法通过学习形成正常的奖惩系统，不能正常的进行奖惩预期，也就不能正常的交往、学习，不能形成正常的模仿欲望与习惯，因而镜像神经元的镜像功能也就不能正常的学习形成。

一方面镜像神经元的镜像功能形成不正常，另一方面由于奖惩系统的异常功能带来的注意异常会使患儿在自己做某一行为时他可能注意到这一行为的过程，而别人做这一行为引起他注意时他不是象正常人一样注意、回忆行为的意义等，可能只是注意实行这一行为的人身上的衣服等等。

患儿通过奖惩强化学习，形成的奖惩系统逐渐趋于正常后（当然由于奖惩中枢的问题，他不可能完全正常），它的模仿等等也会逐渐正常发展，镜像神经元的镜像功能也会不断发展完善。